Am 1. April 1933 rief die NSDAP zum Boykott gegen jüdische Ärzte, Rechtsanwälte und von Juden geführte Geschäfte auf. Am 10. Mai 1933 fand auf dem heutigen Bebelplatz, vor der ehemaligen „Alten Bibliothek“ die Bücherverbrennung statt. Noch heute erinnert ein Mahnmal an diese Schandtat. In den Jahren 1934 - 1935 wurden alle gewählten Gremien der Stadt aufgelöst.
In der Folge wurden in Berlin etwa 1.300 Beamte, 30 % der Angestellten und 10 % der Arbeiter der Stadt Berlin entlassen. Im Dezember 1935 trat dann der amtierende Oberbürgermeister Heinrich Sahm zurück. Zu sagen hatte er schon lange nichts mehr in Berlin, sondern die Anhänger des Nationalsozialismus.
Im Jahre 1936 fanden vom 01. bis zum 16. August die Olympischen Spiele in Berlin statt. Die Nationalsozialisten kaschierten in dieser Zeit die Zeichen der Judenverfolgung in Berlin. Der zuschauenden Bevölkerung, dem Ausland wurde eine „heile Welt“ vorgegaukelt.
Im Jahre 1937 feierte Berlin seine 700-Jahr-Feier im großen Stil. Österreich wurde im Jahre 1938 von den Nationalsozialisten annektiert. Am 12. März 1938 wurde Berlin zur Hauptstadt des „Großdeutschen Reiches“ bestimmt.
Männer der SA und der SS setzten am 9. November 1938 zwölf Berliner Synagogen in Brand. Dieses Ereignis nennt man heute „Reichskristallnacht“. Jüdische Bürger wurden bedroht und schikaniert, jüdische Geschäfte geplündert und verwüstet. Etwa 1.200 Verhaftete wurden von den Nationalsozialisten in das Konzentrationslager Sachsenhausen gebracht.
Im Jahre 1933 lebten noch etwa 160.000 Juden friedlich in Berlin. Nach der Machtübernahme der NSDAP, der Judenverfolgung und dem Ausbruch des 2. Weltkriegs, konnten bis zum Jahre 1941 mehr als 90.000 jüdische Bürger von Berlin ins Ausland fliehen. 60.000 Berliner Juden kamen in Konzentrationslagern der Nazis zu Tode. Etwa 1.400 Juden überlebten die Zeiten der Verfolgung mit großer Unterstützung von Berliner Bürgern im Untergrund.
Am 1. September 1939 erklärte Deutschland dem Nachbarland Polen nach einem fingierten Überfall den Krieg. Berlin ist der Ausgangspunkt des Zweiten Weltkriegs. Im Jahre 1940 wird Berlin dann erstmalig aus der Luft bombardiert. Eine SS-Villa am Wannsee war 1942 Schauplatz der „Wannsee-Konferenz“. Dort wurde die Vernichtung aller europäischen Juden beschlossen. Heute ist dort eine Gedenk- und Bildungsstätte.
Joseph Goebbels proklamierte am 18. Februar 1943 im Berliner Sportpalast (wurde zu DDR-Zeiten im Jahr 1973 abgerissen) öffentlich „den totalen Krieg“. Zuvor hatte die Deutsche Armee die Schlacht um Stalingrad bereits verloren. Amerikanische und britische Bomber begannen im Herbst des Jahres 1942 mit der großflächigen Bombardierung von Berlin. Mehr als eine Million Berliner wurden darauf aus der Stadt Berlin evakuiert. Über 50.000 Berliner Bürger starben durch die Luftangriffe.
Das Attentatsversuch von Oberst Claus Schenk Graf von Stauffenberg auf Adolf Hitler schlug am 20. Juli 1944 fehl. Massenverhaftungen mit anschließenden Hinrichtungen folgten daraufhin. Stauffenberg und seine Mitwisser wurden im Bendlerblock (heute Gedenkstätte Stauffenbergstraße), im Gebäude des Oberkommandos erschossen. Im NS-Zuchthaus Plötzensee folgten noch weitere 89 Hinrichtungen. In der heutigen Gedenkstätte Plötzensee wurden bis zum Ende des Krieges etwa 2.500 Menschen umgebracht.
Die russische „Rote Armee“ marschierte am 21. April 1945 in Berlin ein. Am 30. April endete die Schlacht um Berlin mit dem Selbstmord von Adolf Hitler. Die deutsche Wehrmacht stellte schließlich am 2. Mai 1945 alle Kampfhandlungen ein. Für Berlin und Deutschland war der Krieg nun beendet. Am 8. Mai 1945 kapitulierte Deutschland vollständig. In einer Kaserne der Wehrmacht im Ortsteil Karlshorst in Berlin wurde vor den Vertretern aller Alliierten die Kapitulation besiegelt. Deutschland mit der Hauptstadt Berlin hatte den Krieg verloren. Die Zeit des Nationalsozialismus war zu Ende.