Der Name der prächtigen Pfarrkirche Stift Haug erinnert an eine geistliche Institution, an eine untergegangene romanische Kirche, die einst weit vor den Mauern der damaligen Stadt Würzburg lag. Heute befindet sich dort das Bahnhofsgelände.
Um das Jahr 1000 n. Chr. gründete der Bischof Heinrich I. von Würzburg ein Chorherrenstift, Johannes dem Evangelisten und Johannes dem Täufer geweiht. Bezogen auf seine Hügellage erhielt das Stift den Namen "St. Johannes in Stift Haug". Durch seine ungeschützte Lage außerhalb von Würzburg war das Stift immer wieder Ziel von Plünderungen und Zerstörungen.
Durch die benötigte Neubefestigung Würzburgs nach dem Dreißigjährigen Krieg (1618-1648) entschied der damalige Fürstbischof, den gesamten Komplex abzureißen (1657). Der Hügel wurde mühsam abgetragen. Die jetzige Hauger Pfarrkirche wurde von 1670-1691 durch Antonio Petrini erbaut - das erste barocke Großbauwerk in Franken und das bedeutendste Werk des italienischen Architekten. Die Kuppel wurde dem Petersdom nachempfunden und ist mit 60 Meter Höhe weithin sichtbar. Im Rahmen der Säkularisation (1803) ging das Stift Haug in den Staatsbesitz über. Die Stiftskirche wurde Pfarrkirche.
Am 16. März 1945 wurde die Kirche zerbombt. Bis auf das Stifterdenkmal und die Figur des Evangelisten Lukas wurde alles vernichtet. Zwanzig Jahre dauerte der Wiederaufbau. Die Kosten der folgende Außenrenovierung übernahm der Bayerische Staat.
Im Jahre 1989 wurde die ehemalige Sakristei zur "Friedenskapelle" umgebaut. Seit über 20 Jahren wird dort jeden Freitag für den Weltfrieden gebetet. Im Jahre 2005 wurde die zweijährige Renovierung des Innenraums abgeschlossen. Er erstrahlt nun wieder in leuchtendem Weiß.
In den Altarstein wurden Reliquien der drei fränkischen Heiligen - Burkard (Würzburgs erster Bischof), Bruno (Erbauer des Würzburger Doms) und Liborius Wagner (christl. Märtyrer 17. Jahrhundert) - eingelassen. Als Altarbild dient das Gemälde "Kreuzigung" von Jacopo Tintoretto von 1583. Das imposante, grau-grüne Bronzekreuz des Künstlers Dietrich Klinge, ragt hinter der Flügeltür empor. Neben dem Dom zu Würzburg ist das "Stift Haug" das imposanteste kirchliche Bauwerk in Würzburg.
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